
?動植物基因組從頭測序
概述: 基因組從頭測序也叫de novo測序,主要針對基因組序列未知的物種,構建不同類型的基因組DNA文庫,并進行序列測定。然后使用生物信息學方法對測序得到的序列進行拼接、組裝和注釋,從而獲得該物種完整的基因組序列信息。
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常見問題
基因組從頭測序也叫de novo測序,主要針對基因組序列未知的物種,構建不同類型的基因組DNA文庫,并進行序列測定。然后使用生物信息學方法對測序得到的序列進行拼接、組裝和注釋,從而獲得該物種完整的基因組序列信息。
樣品要求
1、 DNA樣品:Miseq DNA PE文庫濃度≥20ng/µl,總量≥6µg(熒光定量);Miseq DNA MP文庫濃度≥40 ng/μl,總量≥12 μg(熒光定量);454 DNA庫濃度≥20 ng/μl,總量≥3 μg(熒光定量),電泳檢測無明顯RNA條帶,基因組條帶清晰、完整,主帶應在100 kb以上。若樣品中有多糖、糖蛋白的殘留,對打斷DNA樣品帶來非常大的困難,且很難去除,因此特別要求所提供的樣品不要有多糖或糖蛋白污染。
2、 動物樣品:對于一般物種應挑選肝臟、腎臟、血液等組織取樣,對于珍貴物種請提供耳樣、毛發(帶毛根)等脂肪含量較少的組織進行取樣。為了減少個體差異對后 續拼接產生的影響,盡量從同一個個體中取樣。若物種體積較小,從一個個體中提取的DNA量不能滿足測序實驗所需,在保證量的前提下,應盡量減少采樣個體的 數量。提供組織樣品應>500 mg,盡量提供較多量,不同的物種DNA提取產量有差異。
3、植物樣品:植物材料應盡量選取植物組織幼嫩部位。提供組織樣品應>500 mg,盡量提供較多量,不同的物種DNA提取產量有差異。
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