應用領域

樣品要求

1. 基因組DNA：Illumina：DNA濃度≥20 ng/μl，總量≥6 μg；Ion proton：DNA濃度≥20 ng/μl，總量≥300 ng，OD 260/280介于1.8-2.0之間，電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整。樣品濃度越高越好。

       也稱目標外顯子組捕獲，是指利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域DNA捕捉并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。是一種選擇基因組的編碼序列的高效策略，外顯子測序相對于基因組重測序成本較低，對研究已知基因的SNP、Indel等具有較大的優勢。
 

案例分析：
復雜疾病研究-外顯子組測序解析肺腺癌瘤內異質性

雜志名稱：Science

影響因子：31.447

研究背景：瘤內異質性指同一患者的同一部位腫瘤內存在的明顯差異，其會影響腫瘤組織切片檢查的效果以及鑒定致癌基因的準備度，是腫瘤產生耐藥性的重要原因。對肺癌的瘤內異質性還沒有很好的研究報導。

研究目的：研究局限性肺腺癌的瘤內異質性

研究方法：采用多區域取樣分析瘤內異質性的研究思路，對來自11個手術切除局限性肺腺癌的48個腫瘤樣本（3~5 regions  / per sample）進行全外顯子組測序，對照樣本為外周血白細胞DNA。 外顯子捕獲采用Agilent SureSelect Human All Exon V4 kit，測序平臺為 Illumina HiSeq 2000，平均測序深度為277x。最后，使用867x靶向外顯子測序驗證全外顯子測序結果。

研究結果：

共鑒別出7269個突變，其中76%的突變以及21個已知癌癥基因突變中的20個存在于同一腫瘤的所有區域，這表明對腫瘤某一區域進行測序可以鑒別出絕大多數突變。在手術后21個月內，有3個病人復發，其瘤內異質性要大于未復發的病人，這表明較高的腫瘤異質性可能與局限性肺腺癌手術后復發有關。

參考文獻：

Jianjun Zhang,1,2 Junya Fujimoto,3 Jianhua Zhang,4 David C. Wedge,5 Xingzhi Song,4 Jiexin Zhang,6 Sahil Seth,4 Chi-Wan Chow,3 Yu Cao,1 Curtis Gumbs,1 Kathryn A. Gold,2 Neda Kalhor,7 Latasha Little,1 Harshad Mahadeshwar,4 CesarMoran,7et.al.Intratumor heterogeneity in localized lung adenocarcinomas delineated by multiregion sequencing.Science,346(6206):256-9.